Ötən sərin 20-30-cu illərində SSRİ-də geniş vüsət almış ateizm təbliğatı Azərbaycandan da yan keçmədi. Bütün Sovet İttifaqında olduğu kimi Azərbaycanda dinin və din xadimlərinin təqibi 37-dən xeyli əvvəl başlamışdı. Bir sıra tanınmış islam üləmaları həbs edilmiş, sürgün olunmuş və ölüm də daxil olmaqla ağır repressiyalara məruz qalmışdılar. Din xadimlərinin təqibi ilə yanaşı dini müəssisələr – xüsusilə məscidlər, eyni zamanda kilsələr və Bakının mərkəzindəki sinaqoq da daxil olmaqla dini ayinlərin icra olunduğu yerlər ya kütləvi şəkildə dağıdıldı, ya da təyinatı dəyişdirildi.

Lakin Böyük Vətən Müharibəsi başlandıqdan sonra Sovet rəhbərliyinin dinə, o cümlədən islam dininə münasibəti də loyallaşmağa başladı. Bu yumşalma bir tərəfdən orduya səfərbərlikdə din xadimlərinin çağırışlarından yararlanmaq, digər tərəfədən ordu fonuna yardım toplanması, üçüncü tərəfdən isə dünya müsəlmanlarını nasizmə qarşı cihada səsləmək üçün Sovet hökumətinə lazım idi (Bax: Şeyxülislam Axund Ağa Əlizadənin dünya müsəlmanlarına müraciəti. 1944-cü il).

Müharibə dövründə dinə münasibətdə loyallıq hansı səviyyədə idi? Hələ müharibənin ilk illərində müxtəlif rayonlardan agentura məlumatları alınmışdı ki, orduya səfərbər edilən çağrışçılar Quranın altından keçirilib cəbhəyə göndərilir. Digər məlumatlarda qeyd edilirdi ki, orduya səfərbər edələn çağırışçılara “gülləkeçməz” duaları yazdırılıb onların üst geyimin astarına tikilir. Lakin ordunun təlabatını nəzərə alaraq Dövlət Təhlükəsizlik Komissarlığı belə halların qarşısını almadı.

Bu loyallaşmanın gedişində 1943-cü ilin iyun ayının 10-da Orta Asiya və Qazaxstan Müsəlmanlarının Ruhani İdarəsinin, 1944-cü ilin mart ayında mərkəzi Dağıstan MSSR-in Buynaksk şəhərində yerləşən Şimali Qafqaz Müsəlman Ruhani İdarəsi, aprel ayının 14-də isə mərkəzi Azərbaycan SSR-in Bakı şəhərində yerləşən Zaqafqaziya Müsəlmanları Ruhani İdarəsi yaradıldı.

Sovetləşmə ərəfəsindəki sonuncu Şeyxülislam Axund Molla Ağa Əlizadə ona rəhbərlik etməyə başladı. O, Bağdad İlahiyyat Universitetində və Nəcəfdəki Ali Dini Universitetdə yüksək ilahiyyat təhsil almış fəziləti və maarifpərvər bir din xadimi idi. O qədər maarifpərvər idi ki, hətta 1954-cü ildə onun vəfatından bir müddət sonra nəvəsi Məsud Əlizadə Azərbaycan komsomolunun birinci katibi olmuşdu. Amma nədənsə Müsəlmanları Ruhani İdarəsi Bakıda Kamo (Simon Ter-Petrosyan) küçəsində yerləşirdi və bu heç kimi narahat etmirdi. .

1944-cü ildə Zaqafqaziya Müsəlmanları Ruhani İdarəsi yarandı deyəndə ki, əslində bərpa olundu. Çünki mərkəzi Tiflisdə olmaqla bu idarə 1872-1917-ci illərdə, mərkəzi Bakıda olmaqla 1918-1920-ci illərdə Bakıda fəaliyyət göstərmişdi. Və 1920-ci ilin aprelində Azərbaycanda qurulan Sovet hökuməti özünü dinsiz dövlət elan etdiyi üçün Ruhani İdarəsinə də daha ehtiyac qalmamışdı. Bu idarələrin 1943-1944-cü illərdə bərpa edilməsi eyni zamanda Sovetlərin müharibənin sonunda müsəlman şərqinə genişlənmə niyyətləri ilə bağlı idi. Məqsəd Sovetlərin cənub sərhədləri boyunca yerləşən müsəlman xalqlarına SSRİ-nin “dinsiz dövlət” olmadığın nümayiş etdirmək idi.

Bu məqsədlə Şeyxülislam Əlizadənin 1945-ci ilin may ayının 22-dən iyunun 26-na qədər İrana səfəri olmuş, o, Təbriz, Tehran, Qum və Məşhəd məsciddlərində moizələr oxumuş, hətta Məhəmməd Rza şah tərəfindən qəbul edilmişdi. Şeyxülislam Əlizadənin İrana 34 günlük səfəri barədə Azərbaycan Təhlükəsizlik Komissarı Stepan Yemelyanov 22 səhifəlik gizli hesabat hazırlayıb Moskvaya göndərmişdi.

Lakin bu plan baş tutmadı və müharibə başa çatandan az sonra SSRİ-də yenidən dinin təqibi başlandı. İdeoloji məsələlərə cavabdeh olan Mərkəzi Komitə katibi Andrey Jdanovun post-müharibə dövrü təlimi dini qurumlar və inanclardan da yan keçmədi. Müharibə dövrünün loyallığı yenidən öz yerini “hücumçu” ateizmə verdi. 40-ci illərin sonlarında Dövlət Təhlükəsizlik Nazirliyi yenidən din xadimlərini və islam üləmalarını total agent müşahidəsinə götürdü, dinin və din xadimlərinin təqibinin yeni dalğası başlandı. Bu proses Stalinin ölümündən sonra da səngimədi.

1955-ci ildə Azərbaycan SSR Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsinin sədri Anatoli Quskov “İslamçılar”ın işi barədə toplanmış agentura məlumatları əsasında hazırlanmış geniş hesabatı da SSRİ DTK-na göndərmişdi. Burada sərhəd rayonlarında yaşayan bir sıra din xadimlərinin İranın din xadimləri ilə ehtimal olunan əlaqələrindən söhbət açılırdı.

Quskov yazırdı ki, “İslamçılar”ın işi üzrə şübhəli bilinən Astraxanbazar rayon sakini Mir Məhəmməd Kazımovun İranın kəşfiyyat orqanları ilə əlaqələri agentura məlumatları ilə təsdiq edilməmişdir. Ona görə də ona qarşı açılmış iş 1955-ci ilin avqustunda bağlanmışdır. Lakin Quskov Moskvaya yazırdı ki, Mir Məhəmməd Kazımov üzərində agent müşahidəsi hələ də davam etməkdədir.

Eyni məlumat Molla Hüseyn Teymurov haqqında da verilirdi və onun 1950-ci ilə qədər İranın kəşfiyyat orqanları ilə əlaqələri barədə bir sıra agentura məlumatları olduğu qeyd edilirdi. Lakin Quskovun “casusluq” kimi təqdim etdiyi bu əlaqələr gizli yolla dini ədəbiyyat, müxtəlif risalələrin gətirilməsindən o tərəfə keçmirdi.

1954-cü ildə Şeyxülislam Axund Molla Ağa Əlizadənin vəfatından sonra Ruhani İdarəsinə Mirmöhsün Həkimzadə sədr seçilmişdi. O, Məşhəd, Xorasan və Nəcəf kimi şiə mərkəzlərində mükəmməl dini təhsil almışdı. Həkimzadə 1928-ci ildə Azərbaycan Siyasi İdarəsi tərəfindən həbs edilmiş və dini ədəbiyyatdan ibarət olan zəngin kitabxanası müsadirə edilmişdi. Lakin 6 aydan sonra o, azadlığa çıxmış və Bakıda müxtəlif idarələrdə fəhləlik etmişdi.

1944-cü ildə Zaqafqaziya Müsəlmanları Ruhani İdarəsi bərpa edildikdən sonra Mirmöhsün Həkimzadə ruhani idarəsinin sədr müavini seçilmişdi və 1954-cü ilə qədər bu vəzifədə işləmişdi. Axund Ağa Əlizadənin vəfatından sonra Zaqafqaziya müsəlmanlarının qurultayı çağırılmış və böyük səs çoxluğu ilə Şeyx Mirmöhsün Həkimzadə Qafqaz Müsəlmanları Ruhani İdarəsinin sədri seçilmişdi.

O, Stalinin ölümü və XX partiya qurultayından sonra Sovet cəmiyyətindəki nisbi azadlıqlardan istifadə etməyə cəhd göstərir, yeni məscidlərin açılmasına, bir sıra məscidlərdə azanların minarələrdən verilməsinə, yeni mədrəsələrin tikilməsinə nail olmağa çalışırdı.

Şeyxülislam Mirmöhsün Həkimzadə maraqlı bir din xadimi idi. Bütün çətinliklərə baxmayaraq o, dini ayinlərə və şəriət hökmlərinə əməl etməyə çalışırdı. Məsələn, 1958-ci ilin sentyabrında Azərbaycan SSR xarici işlər naziri Mahmud Əliyev vəfat etdikdən sonra onun həyat yoldaşı Zaqafqaziya Müsəlmanları Ruhani İdarəsinə – Şeyxülislam Mirmöhsün Həkimzadənin yanına gəlib mərhum nazir üçün cənazə namazı qılınmasını və quran oxunmasını ondan xahiş etmişdi.

Lakin Şeyxülislam cənazə namazı qılmağa hazırlaşanda məlum olmuşdu ki, meyit yoxdur. Həkimzadə meyitin yerini soruşanda mərhum nazirin həyat yoldaşı demişdi ki, onlar cənazəni məscidə gətirməyə qorxurlar, ona görə də Şeyx qiyabi şəkildə cənazə namazı qılsın. Lakin Şeyxülislam Mirmöhsün Həkimzadə cənazə olmadan cənazə namazının qılınmasının mümkünsüz olduğunu bildirmişdi…